免疫共沉淀與免疫沉淀技術所使用的原理與方法大致相似，所不同的是，在免疫共沉淀中，對靶蛋白的結合與沉淀由另一個與之發生相互作用的蛋白替代。在免疫共沉淀或免疫沉淀的基礎上，通過進一步與其它技術的結合，如聚丙烯酰胺凝膠電泳，還可進一步對靶蛋白的的分子量等特性進行鑒定。下面對此進行詳細介紹。

實驗原理

(1)免疫沉淀（Immunoprecipitation，IP）：利用抗原抗體特異性反應，對某個特定蛋白純化富集的方法，主要過程包括捕獲和固定。
(2)免疫共沉淀（Co-Immunoprecipitation，CoIP）：CoIP是在IP實驗的基礎上進行的擴展，主要用于蛋白之間的互作研究，常被用于鑒定特定蛋白復合物的中已知或未知的蛋白組分。其原理是基于抗體與抗原（靶蛋白）之間的特異性結合，此時如果樣品溶液中存在能與靶蛋白相互作用的目的蛋白，會一同被拉下來，隨后利用SDS-PAGE，Western Blot等方法對得到的目標蛋白進行分析，進而證明兩者間的相互作用。

2、注意事項

＊確保共沉淀的蛋白是由所加入的抗體沉淀得到的，而并非外源非特異蛋白，單克隆抗體具有特異性強、可大量生產、易標準化等優點，使用單克隆抗體有助于避免污染的發生；

＊要確?？贵w的特異性，如果抗體不能和細胞溶解物中的抗原結合，則不會引起共沉淀反應;＊確定蛋白間的相互作用是發生在細胞中，而不是由于細胞的溶解才發生的。

3、實驗技巧為了確保最終得到的結果是天然狀態下的相互作用，而不是由于某些方面造成的人工相互作用（也就是“假陽性”），在Co-IP的實驗設計過程中，需要設置正確的對照。假設Co-IP實驗的實驗組為“磁珠+抗X抗體+靶蛋白X+目的蛋白Y”，則可能出現的“假陽性”及對應需要設置的實驗對照如下表所示：